日本FBA头程清关一般包括以下程序：
1. 到达日本机场/港口：货物从中国运抵日本机场或港口，根据运输方式不同，会到达相应的地点。
2. 提交进口申请表：到达日本后，需要向日本海关提交进口申请表，海关会根据此申请对货物进行检验、检查、查验，进行清关。
3. 提供通关信息：向日本海关提交清关所需资料，包括产地证、商检证、货物报关单等特殊货物证明，接受海关的检查。
4. 缴纳关税：通过海关检查后，需要按照货物对应的税率缴纳关税。代理商通常会帮助完成纳税手续。
5. 获得进口许可证：缴纳关税后，获得进口许可证，可以进行最终交货。
