日本海外仓报关的流程和手续相对复杂，以下是详细的介绍：
一、报关前准备
1、确认船舶信息：
包括提单号和航海号，这些信息通常会在船舶出港后收到的提单上找到。
通过提单号向日本当地的代理店或者船东公司确认船舶是否有延误。
2、收到到港通知：
船舶即将入港的前1到2天内，日本的代理会发行到港通知（A/N）。
收到A/N后，请务必检查发货人、收货人、提单号、货物信息是否与提单信息一致，如不一致需请代理修改，否则无法清关。
3、准备清关文件：
基本资料：进口发票、装箱单、提单、到港通知单、合同（必要时需提供）、汇款记录（必要时需提供）。
特殊文件：如涉及减免关税或进口限制，需根据日本要求提供原产地证书；某些商品可能需要额外的许可证或认证文件，如食品进口许可证、动植物检疫证明等。
其他资料：进口商的法人番号、提交给报关行的委任书。如有样品或赠送品，一定要在箱单发票中标注，并填写单价。
二、报关流程
1、货物搬入保税区：
从海外到达日本的货物，首先要搬入码头的保税区。保税区是暂时存放外国货物的地方，关税、消费税等可以暂不支付，也是进行清关手续的地方。
船停靠港口的第二天，码头工作人员会将集装箱信息录入NACCS系统，俗称“搬入”。有了“搬入”信息之后，报关行方可进行申报。
2、进口申报：
外国货物搬入保税区后，进口商需将准备好的清关文件提交给税关进行申报。
现在的报关行通常是电子申报，即利用进出口港湾情报处理系统（NACCS）来进行申报。一般的进口商都是委托报关行通过NACCS系统来进行申报手续的。
3、税关审查及查验：
税关对申报文件先进行书类审查。
必要时会采取大型X线检查或在税关指定检查地进行产品检查。进口动植物及其制品、食品等还需检疫和防疫部门的检查。
4、缴纳关税和费用：
进口货物需支付关税及消费税等。税关审查通过后，进口商需缴纳关税和其他相关费用，包括日本海外仓管理费和报关费等。
5、取得进口许可：
进口商支付关税及消费税等税款后，税关会发行进口许可。
通过NACCS系统进行电子申报时，税关会通过报关系统进行末端发送，报关行即可收到许可书，将其印刷后交付给进口商。
三、提货与派送
1、提货申请：
进口商拿到进口许可后，即可向保税区或仓库申请提货。
如果是集装箱货物，需要按到港通知单的费用付给船运公司，并向码头申请提箱预约。如果是拼柜货物，则需付费给船运公司，并向保税仓库递交提货申请。
2、提货手续：
提货时需要提交进口许可书或到港通知等相关文件。
拼柜货物在提货当天可能还需现金支付提货手续费（如1300日元等）。
3、货物派送：
货物从保税区或仓库提出后，即可按照日本国内的物流流程进行派送。
日本海外仓报关的流程包括报关前准备、报关流程以及提货与派送三个阶段。在整个报关过程中，需准备充分的清关文件、缴纳相关税费，并遵守日本的进口法规。同时，与可靠的报关行和物流公司合作也是确保报关顺利进行的关键。
